O Departamento de Fitopatologia está abrigado em um edífício, parte integrante da estrutura Física do Instituto de Ciências Biológicas, localizado ao sul do conhecido Instituto Central de Ciências (ICC), no Campus "Darcy Ribeiro" da Universidade de Brasília. O Bloco da Fitopatologia é marcado com a letra C e é constituido de 3 pavimentos: subsolo, térreo e 1º pavimento. No térreo estão os laboratórios de Nematologia, Bacteriologia Vegetal, Virologia Vegetal e o de Biologia Molecular aplicada à Fitopatologia, além de instalações de apoio. No 1º pavimento está a Coleção Micológica e área de estudo da Micologia Vegetal, além de uma sala de seminários e outra para aulas práticas, equipada com lupas e microscópicos adequados para a análise morfométrica dos agentes causadores de doenças em plantas. As salas dos docentes se distribuem conforme a especialidade nos 2 pavimentos mencionados. O subsolo é usado como garagem para os veículos de apoio às atividades de campos de docentes e discentes.